南京大学深圳研究院是南京大学直属机构，设立在深圳市人民政府主办的深圳虚拟大学园内，是经国家编制委员会核准的事业单位法人，主要从事教育培训和科技研究及开发工作。院长由南京大学校长助理张序余教授兼任。 成立八年来，充分发挥南京大学百年名校和师资力量雄厚的优势，实施多层次、多渠道、多形式办学，并根据深圳产业导向，培养适合深圳发展的人才。在深圳开办研究生学历教育、专升本学历教育、美国注册管理会计师培训班以及其它非学历培训项目，培训人数达6000多人次。 2004年，南京大学与深圳市政府签订协议，南京大学在深圳建立产学研基地，带动南京大学更多的科技项目、人才培养项目进入深圳。