1998年国务院机构改革，在国务院经济体制改革办公室成立大会上朱镕基总理指出“要充实、加强体改研究会”；1999年中国经济体制改革研究会进行了人事、财务等管理体制上的改革，成为独立的法人机构，在全国各省市政府和研究机构拥有众多团体会员和个人理事。2003年以后中国经济体制改革研究会的主管单位为国家发展和改革委员会。 中国经济体制改革研究会坚持面向经济体制改革实践、为经济体制改革服务，坚持解放思想、实事求是、理论与实践相结合的原则，贯彻“百花齐放、百家争鸣”的方针，力倡尊重实践、大胆探索、勇于创新的精神，为推进改革事业积极举办多种形式的调查、研讨、交流活动。 中国经济体制改革研究会内部机构有：办公室、调研部、外联部、公共政策研究部、公众意见调查部以及培训中心。中国经济改革研究基金会作为中国经济体制改革研究会发起设立的独立机构，日常管理与运作与研究会互相配合。此外，中国经济体制改革研究会管理的独立机构还有中国经济体制改革杂志社、改革传播影视中心等。 中国经济体制改革研究会的主要职能是承担政府与主管部门等委托的经济体制改革方面的课题研究工作，以及围绕经济与社会发展中的重点、难点问题进行超前性调研，其研究成果主要供各级政府与企业做决策参考。 中国经济体制改革研究会注重同中国国内以及世界各国有关的研究机构和专家、学者建立和发展学术交流与合作，承接委托或合作研究的课题，深入研讨改革开放、经济发展的理论和实践经验，增进国际间的交往、理解与友谊。 中国经济体制改革研究会的领导机构是理事会，每年召开一次全体理事会会议。常设机构是常务理事会，负责贯彻理事会的决议，处理日常工作中的重大问题。中国经济体制改革研究会领导成员有的是在中国政府部门担任过重要职务的官员，有的是著名的社会活动家和经济学家。