福建生物工程职业技术学院创办于2005年5月，经福建省政府批准，在福建医药学校（创办于1980年）的基础上组建，隶属福建省食品药品监督管理局，是全省食品药品监管系统唯一的全日制公办高等职业院校。学院于2011年1月通过高等职业院校人才培养工作评估，现有教职工246人，其中博士、硕士占26.83%，高级职称占专业技术人员25.14%，“双师型”占专任教师61.54%。建有5个系（药学系、中药系、生物工程系、保健营养学系、管理系）、13个专业（生物技术及应用、化妆品技术与管理、生物制药技术、中药制药技术、药物制剂技术、药物分析技术、食品药品监督管理、药品经营与管理、保健品开发与管理、医疗器械制造与维护、食品营养与检测、药学、中药），其中保健品开发与管理、中药2个专业为国家重点建设专业，生物制药技术、中药、药品经营与管理3个专业为省级精品专业；与福建农林大学联办食品科学与工程、食品质量与安全等两个自考本科专业，与福建中医药大学联办中药学自考本科专业。现有各类在校生6000多人。设有11个教学教辅部门和10个党政工作部门，实行院、系二级管理。开设药物制剂技术、药物分析技术、中药、生物制药技术、保健品开发与管理、食品药品监督管理、药品经营与管理等7个专业，其中生物制药技术、中药、药品经营与管理等3个专业被评为省级精品专业。生物制药教学科研实训中心列入2009年省级财政支持的高职院校示范性实训建设项目。