福建师范大学前身为1907年由清朝帝师陈宝琛创办的福建优级师范学堂。

辛亥革命后，福建优级师范学堂改称福建师范学校。1913年，福建师范学校更名为福建高等师范学校。1914年，福建高等师范学校高等师范科停办。

1911年，私立福建法政学堂正式成立。1925年7月，私立福建法政专门学校改称福建大学。1929年，国民政府教育部正式明令废止专门学校，私立福建法政专门学校再次改办私立福建学院。1932年2月，福建学院正式获准立案。1936年8月，依据福建省政府实施整理本省教育方案，调整各大学相同科系，福建学院专办法科，农科归并私立福建协和大学。

抗日战争爆发后，为适应抗日救亡、提高全民族文化水平需要，解决福建省中等学校“师荒”问题，时任省政府主席的陈仪和教育厅长的郑贞文，派专员向教育部力陈创办福建省中等学校师资培训机构的迫切需要，最终征得教育部同意，于1941年在福建战时省会永安成立福建省立师范专科学校，唐守谦被任命为校长。

福建师专自1944年秋季起到1949年8月，先后继任校长者计有李黎洲、林希谦、彭传珍和林天兰等人。在他们的经营下，学校规模、校舍设备及师资队伍，均有所扩大改善。

1944年5月，国民政府开始在福建筹建大专学制的国立海疆学校，先设师范和行政两科。 1949年8月，福州解放 ，同年9月，省军管会接管该校，仍称福建省立师范专科学院。1950年9月，改称福建省立师范学院。

1950年，国立海疆学校停办，师范科部分教师和学生并入福建省立师范学院。 1950年初，福建省研究院社会科学研究所归属厦门大学。1951年，福建省研究院教育心理研究室独立改为新教育研究所，动植物研究所和工业研究所合并为自然科学研究所，后归属原福州大学。

1951年4月，私立福建协和大学（1915-1951年）和华南女子文理学院（1908-1951年）合并成立福州大学。至1952年6月，福州大学先后并入福建省立师范学院（1941-1952年）、福建省研究院（1939-1951年）、私立福建学院（1911年-1951年）等单位。经中国高等院校1952年院系调整后，1953年9月，福州大学改称福建师范学院。

1969年因“无产阶级文化大革命”停办，1972年5月复校，更名为福建师范大学，并沿用至今。

2003年，福建司法学校（1983-2003年）并入该校。

2003年11月，福建师范大学确立为首批八所福建省重点建设高校。

2007年11月，福建师范大学迎来百年华诞。时任全国政协副主席张克辉、福建省委书记卢展工、省长黄小 晶、教育部副部长吴启迪等出席庆祝大会。

2012年11月，教育部与福建省政府在福州签署共建福建师范大学协议。中华人民共和国教育部副部长刘利民和福建省委常委、时任副省长陈桦代表双方签署协议。 福建师范大学正式进入省部共建大学行列。

2012年12月，福建师范大学成立董事会，福建省政府省长苏树林任董事会主席。

2014年1月，福建师范大学确立为福建省重点建设三所高水平大学之一。