福建中医药大学原名福建中医学院，创建于1958年，是中国创办较早的高等中医药院校之一，2003年成为福建省重点建设高校8所之一，2010年3月经教育部批准更名为福建中医药大学。学校占地面积近1200亩，其中旗山校区占地面积935亩，屏山校区占地面积161亩。

截至2013年10月，学校有教职员工2700多人，在校生近1万人；设有13个学院，两个研究院。学校与美国、德国、澳大利亚、日本、马来西亚、台湾、香港等国家和地区的高等院校、科研医疗机构、学术团体建立了稳定的合作关系。