学院前身是1978年10月创建的福建银行学校，1985年5月在此基础上成立福建金融职业技术学院，面向全国招生。1978年10月福建银行学校创建。1979年，为了加强对全国银行中专的统一领导，人总行于9月4在江西庐山召开全国银行中专工作会议。确定全国各省（自治区、市）银行中专学校实行双重管理的体制，即隶属于中国人民银行总行，委托各省人行管理。

1980年5月，省人行党组决定，银行学校在面向社会招收中专学生的同时，也作为人行系统干部培训基地。至此，福建银校初步奠定了双重管理（总行和分行）的体制和两个基地（培养中专人才和培训干部）的任务。1981年，首山校舍建成。经过边办学、边建校的发展，教学条件逐步改善，师资队伍不断充实，专业设置日趋齐全，招生规模相应扩大，学校工作逐步上了轨道。1985年5月在此基础上成立福建金融管理干部学院

2000年，根据国务院文件精神，学院从中国人民银行总行划转福建省管理，直属福建省教育厅领导。2004年2月，经福建省政府批准，福建金融管理干部学院更名为福建金融职业技术学院，从成人高校转型为普通高校。